يعود تاريخ إنشاء المكتبات الأولى في أذربيجان إلى القرن الخامس. تم ترجمة العديد من الكتب الى اللغة الألبانية بعد تنظيم الأبجدية المتكونة من 52 حرفا حينذاك في  ألبانيا القوقازية. أنشأت المكتبات الصغيرة في داخل الكنائس في ألبانيا التي كانت تسيطر عليها الديانة النصرانية. زاد عدد المكتبات بعد تعزيز الإسلام كنظام الاعتقاد الواحد ما بين القرنين التاسع والعاشر.

كانت تتطور أنشطة المكتبات الأذربيجانية في ثلاثة اتجاهات في القرون الوسطى: مكتبات القصور، مكتبات المساجد والمكتبات الشخصية للشعراء والعلماء والفلاسفة.

ان المكتبات التي كانت تقع في ثلاثة مدن أذربيجانية (كنجه، بردع وباكو) في القرن الحادى عشر خلال فترة تشكل النهضة الإسلامية كانت شهيرة في الشرق كله. يقدم الشاعر الكبير نظامي الكنجوي في قصته "خسرو وشيرين" معلومات عن استفادته من المخطوطات القديمة في بردع. كانت مكتبة في باكو تنتمي إلى قصر شيروان شاه.

كان يتم تشكيل المكتبات التي تحتوي على الكتب الدينية في داخل المساجد في القرون الوسطى. اختفت هذه العادة جزئيا في عهد حكام دولتين آق قويونلو وقرا قويونلو وهم كانوا يهتمون بالأشعار والفنون. بدأ شاه إسماعيل حاكم الدولة الصفوية التي تأسست في عام 1501 يولي اهتماما خاصا بتنظيم المكتبات في السنوات الأولى لسلطته. لأنه كان شاعرا وفيليسوفا. اختص اجود الغرف للمكتبة في قصره وجهزها بالمعدات.

بالاضافة إلى ذلك، كانت المكتبات الشخصية موجودة في أذربيجان في القرون الوسطى. ان المصادر المكتوبة تذكر أن مكتبة مرصد المراغة المحتوية على أكثر من 400 ألف كتاب كانت تنتمي إلى العالم الاسلامي الكبير ناصر الدين التوصي. تم جلب اغلبية الكتب المذكورة من بغداد والشام والجزائر وموصل ومدن أخرى. للأسف، لم يوجد أي اثر للكتب في مرصد المراغة على الرغم من ان جميع الكتب للطوسي في المكتبة التي أنشأت بين الأعوام 1258 -1261 قد وصل الى يومنا.

ان المكتبات للفيلسوف الأذربيجاني بهمنيار، اللغوي والمنظر الأدبي الخطيب التبريزي، الوزير العام للدولة الإلخانية رشيد الدين  قد اكتسبت شهرة كبيرة.

ان المكتبة في ضريح الشيخ صفي كانت واحدة من المكتبات التي قد أنشأت في عهد سلطة شاه إسماعيل. بنى شاه إسماعيل الضريح في مدينة أردبيل تكريما لجده الشيخ صفي وتشكل مكتبة فيه بعد وصوله إلى السلطة. ارسل الكتب القيمة التي حصل عليها في المدن المحتلة الى هذه المكتبة. ان هذه المكتبة كانت من أغنى المكتبات في الشرق وقامت بالنشاط لمدة ثلاثة قرون منذ اوائل القرن السادس عشر حتى العشرينات من القرن التاسع عشر. تنقلت المكتبة المذكورة فيما بعد إلى تبليسي بفضل مكر الروس وانتقلت منها إلى المكتبة الإمبراطورية في سانت بطرسبرغ.

تأسست مكتبة "دار الكتب" في القرن الثاني عشر في كنجه. كانت مكتبات في كنجه وبردع تمتلك خزانة غنية بالكتب النادرة في حينئذ. ان الحكام الأتابكة في أذربيجان الذين كانوا اعتنوا بتمدن الثقافة في عهدهم اولوا ايضا اهتماما خاصا بتطوير المكتبة وإثراء صندوق المكتبة. كان يتم شراء الكتب المخطوطة الأكثر قيمة من جميع بلدان الشرق تقريبا لهذه المكتبة. كان يتم تكثير الكتب بطربقة الاستنساخ في المكتبة نفسها. كانت أبواب هذه المكتبة الغنية مفتوحة أمام المفكر الأذربيجاني العظيم نظامي كنجوي، لأن خاله خاجه عمر كان  مديرا لمكتبة القصر. كان ابداع الشاعر العظيم الشهير نظامي كنجوي كنزا كبيرا للمراكز العلمية المذكورة.