أشهر الشتاء الباردة في عام 1426...  ان المظهر المتعب للدرويش الذي جاء من شاماخي إلى باكو وفي يده عصا وفي كتفه خرج يجذب انتباه الركاب. ولكن لا أحد يفهم أن الطريق الطويل ليس سبب وهنه ولكن الأحداث التي لا تليق بشرف المركز الصوفي وتخدش روحانيته هذا هو سبب تعبه. والتجأ إلى باكو. لأنه كان لا يريد ان يقبل الوضع الموجود.

بدأ النقاش حول من يكون المرشد في المعبد بعد وفاة صدرالدين شيخ شيروان في ذلك الشتاء. عين شيخ صدر الدين مريده المحبوب  سيد يحيى مرشدا لمكانه في حضرة الجميع قبل وفاته. وسيسمى هذا المريد في المستقبل ب"الشيخ الثاني" لطريقة خلوتية. ولكن الدراويش الذين كانوا يحسدون على ذكاء سيد يحيى منعوا كونه مرشدا في الزاوية بعد وفاة الشيخ. وكذلك اصبح المريد بإسم بيريزاده شيخا في الزاوية. ذهب سيد يحيى من شماخي إلى باكو، لأنه لم يستطيع أن يتحمل هذا الوضع. ولكن كان سيد يحيى ومريدو الزاوية الصوفية لا يعرفون أن هذه الرحلة ستحول سيد يحيى إلى أحد الحكماء الكبار في الشرق وكانوا لا يعرفون ايضا أنه سيوضع أساس المدرسة – واحدة من المراكز العلمية الشهيرة في باكو بدعم من شيروان شاه خليل الله  . كان يتم تدريس جميع العلوم الدنيوية في المدرسة على الرغم من أن ترويج الطريقة الخلوتية كان نشاطا رئيسيا لهذا المركز العلمي.     

يضع سيد يحيى حجر الأساس للزاوية الخلوتية الكبيرة الأولى  بمساعدة خليل الله الأول بعد وصوله إلى باكو. يذكر سيد يحيى مرارا في كتبه عن المساعدة التي قدمها خليل الله الأول لإنشاء الزاوية في باكو. ان مدرسة المذكورة التي كانت تعمل كمركز العلوم جذبت الناس من عديد من البلدان الشرقية.   

ان كتاب "كشف القلوب" كرسه سيد يحيى لخليل الله خان الأول هو واحد من العلامات التي تدل على العلاقة الحميمة بينهما. تبدأ مقدمة الكتاب مع العبارات التالية: "كتبت هذه الرسالة تحت الأمن الذي وجدته بفضل سلطة سلطان أمير خليل الله وهو الأمير العادل واشرف السلاطين في العالم  وسمي خليل الرحمن".

لم يترك سيد يحيى مركز العلوم المذكور حتى عام 1466. ان المريدين والطلاب الذين جاؤُوا من كل أنحاء العالم إلى مدرسته استفادوا من علمه وعرفانه. تداولت الألسن الأساطير حول مدرسة سيد يحيى. لم يأكل سيد يحيى شيأ لمدة ستة أشهر وكان يفطر فقط لكل خمسة عشر يوما في نهاية حياته وفقا للرواية. كان ينزوي باستمرار في حجرته. وعندما كان يحتضر طلب الدعاء من مريديه لشيروانشاه خليل الله فقط على الرغم من أن شيروان شاه قد رحل من الدنيا قبل ثمانية أشهر. رد على سؤال حول سبب طلبه كما في التالي:  "نفذ شيروان شاه العمل الأكثر اهمية في حياته ودعم العلم. من يوضع حجر الأساس لأي مركز علمي هو يستحق الرحمة وكل التقدير".