Selon les scientifiques, l'histoire du Khanegah d’Alinjatchay remonte au VIIIe siècle. Mais c’est une hypothèse. La plupart des inscriptions en pierre trouvées lors de la restauration du Khanegah remontent aux XIVe et XVe, pendant la période après l'exécution tragique de Fazlullah Naïmi par Miranchah autour de la rivière d’Alinja rivière en 1401.

Selon la légende, après que l’exécution tragique de Fazl, ses murids ont rassemblé les restes de son corps, l'ont enterré ici et ont élevé le mausolée de Naïmi sur son tombeau. Selon les dires, le cheikh soufi le plus influent du Khanegah il rend visite personnellement à Tamerlan et obtient la permission pour l'enterrement de Fazl.

Une autre légende raconte qu'après l'exécution de Fazl, ses murids rassemblent en secret les restes de son corps pour l’enterrement au Khanegah. Mais quand les Timourides l’ont su, ils ont demandé : « Qui est-ce ? Où l’emmenez-vous ? ». Les murids ont répondu : « C'est Cheikh Khorasani ». Pendant cette période, le Khorasan était considéré comme le centre de la science et de l'irfan, pour cette raison, ils ont libéré les murids. C’est précisément pour cette raison que le deuxième nom du Khanegah est le khanegah de « Cheikh Khorasani ».